(一)办公室
负责文电、会务、档案、机要、保密、安全、 信访、信息化、新闻宣传、交流合作、应急值守、机构编制、队伍建设、干部人事、工资保险、教育培训、离退休人员管理、财务、后勤、资产管理、采购等。
(二)党务纪检科
负责党务、纪检、群团等。
(三)业务管理科(检查员管理科)
负责技术检查业务的综合协调、检查员管理、检查员业务培训等。
(四)质量管理科
负责质量管理体系建设及运行、科研规划、业务技术档案管理、技术检查质量督查、技术检查报告评估等。
(五)疫苗生产检查科
负责疫苗、生物制品生产环节技术检查等。
(六)药品生产检查一科
负责中药、特殊药品生产环节技术检查等。
(七)药品生产检查二科
负责化药及其他药品生产环节技术检查等。
(八)药品流通检查一科
负责药品流通环节技术检查等。
(九)医疗器械检查一科
负责省药监局处室、第二检查分局、第三检查分局辖区范围内医疗器械生产环节技术检查等。
(十)医疗器械检查二科
负责省药监局第一检查分局、第四检查分局、第五检查分局辖区范围内医疗器械生产环节技术检查等。
(十一)化妆品检查科
负责化妆品生产环节技术检查等。